Ali Haydar Emir, 18 Ağustos 1302 (30 Ağustos 1886) tarihinde Gelibolu’da İbn-i
Kâtib Mahallesi, Çeşme Sokağı, 11 numaralı evde doğdu. Babası Gelibolu adliyesi mübaşirlerinden
Mustafa Emir Efendi, annesi ise Fatma hanımdır. Ailesi aslen Bursalı
olup, Emir Ali oğulları namıyla maruftur. 18 Temmuz 1909’da evlenen Ali Haydar
Emir, soyadı kanununun çıkmasından sonra Alpagut soyadını aldı. Gelibolu’da Nuh
Baba Mahalle Mektebi’nde üç sınıflı ibtidai mektebi ile üç sınıflı rüşdiyeden sonra bir
sene de Gelibolu İdadi-i Mülkiye Mektebi’nde eğitim aldıktan sonra 1900 senesinde
İstanbul’a geldi. Mekteb-i Fünûn-ı Bahriye’ye öğrenci olarak girdi. 1904’te buradan
mezun oldu. Ardından 14 Ocak 1905’te girdiği Mekteb-i Harbiye-i Bahriye Sınıfı’ndaki
iki yıllık eğitimini tamamladı ve güverte sınıfından mülazım-ı sani (teğmen) rütbesiyle
Mart 1907’de mezun oldu. Ayrıca Dârülfünun-ı Osmanî Hukuk Fakültesi’nde eğitim
gördü. Tarih kitaplarını okuyacak derecede İngilizce bildiğini kendisi ifade etmektedir.
Yurt dışında bir eğitim görmedi.